Die Marktgemeinde auf dem Schwemmfächer des Holenbaches mit dicht gedrängtem Ortskern ist ein wichtiger Verkehrsknoten des Bozner Unterlandes: Einst Fährstelle zur Etschüberquerung liegt Auer heute zum einen an der Hauptachse des Nord-Süd-Verkehrs (Brennerstraße) und wird auch von der Autobahn - mit einer Ausfahrt für das gesamte Unterland - tangiert. Zum anderen zweigt von hier die Straße ins Fleimstal (über Kaltenbrunn, San Lugano) ab und erschließt damit den südlichen Regglberg sowie die Orte um das Trudner Horn. Wichtiger EC-Haltepunkt im Eisenbahnverkehr, von 1917 bis 1963 führte von Auer ausgehend die Fleimstalbahn bis Predazzo.