La borgata di San Leonardo si trova in Val Passiria, che è percorsa dal Passirio, un affluente dell´Adige. Il Passirio divide per circa 12 km San Leonardo dal vicino comune di San Martino. Il comune termina con la località di Passo nella parte orientale della valle e giunge fino alle creste delle Alpi Sarentine. La località principale, San Leonardo, si trova allo sbocco della Valle di Vàltina con l´omonimo insediamento sparso. L´importanza di San Leonardo è data anche dalla sua posizione geografica tra il Passo del Giovo per la Val di Vizze e il passo del Rombo per la Ötztal tirolese.