L´agglomerato di Pfaffenhofen è situato nella piana di Telfs a sud dell´Inn sul conoide alluvionale del Blähbach, ai piedi dell´Hocheder (2797 m). La località era abitata già nell´età del bronzo, come risulta da reperti archeologici. Nell´alto medioevo il Giudizio di Hörtenberg, cui ricordano le rovine al di sopra del paese, dominava la zona fino a quando nel XVII secolo la sede giudiziale venne spostata a Telfs e l´importanza di Pfaffenhofen decadde. Nel XIX secolo sorsero alcuni insediamenti industriali. Pfaffenhofen è strettamente collegata alla vicina Telfs, la cui stazione ferroviaria è stata edificata sul territorio comunale di Pfaffenhofen.