Das Haufendorf Pfaffenhofen liegt im Bereich der Talweitung von Telfs südlich des Inns auf dem Schwemmkegel des Blähbaches am Fuße des Hocheders (2797 m). Funde, die bis in die Bronzezeit zurückgehen, belegen die frühe Besiedlung. Im Hochmittelalter bildete das Gericht Hörtenberg, an das die Ruine oberhalb des Dorfes erinnert, das Zentrum des Gebietes. Als das Gericht im 17. Jh. nach Telfs verlegt wurde, verlor Pfaffenhofen die frühere Bedeutung und wurde zu einer ländlichen Siedlung. Im 19. Jh. haben sich in Pfaffenhofen, das heute mit Telfs eng verbunden ist, einige Gewerbe- und kleine Industriebetriebe nieder gelassen, auch der Bahnhof Telfs liegt auf Pfaffenhofener Gemeindegebiet.